Η OMIC-Engine, η Εθνική Ερευνητική Υποδομή στη Συνθετική Βιολογία, που
συντονίζει το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, στο τρίτο OMIC Webinar εισάγει
το κοινό στη Γονιδιωματική των Φυτών και τις Βιοπληροφορικές αναλύσεις.
Στο τρίτο Webinar με τίτλο «PlantGenomics and Bioinformatics – The
power of longreadsequencing», την Τρίτη 18 Μαΐου 2021, η OMIC-Engine
καλωσορίζει τον BoasPucker, μεταδιδακτορικό ερευνητή στο Τμήμα
Επιστήμης Φυτών του Πανεπιστημίου Cambridge του Ηνωμένου Βασιλείου.
Οι υψηλής ποιότητας και ανάλυσης αλληλουχίες φυτικών γονιδιωμάτων
αποτελούν το κλειδί για την αποκάλυψη του βιοχημικού δυναμικού των
φυτών και την κατανόηση των εξελικτικών διαδικασιών στον κόσμο των
φυτών. Οι γνώσεις που έχουμε αποκτήσει από αυτές τις αναλύσεις
αποτελούν τη βάση για τη βελτίωση των χαρακτηριστικών στις αγροτικές
καλλιέργειες. Η ανάγνωση αλληλουχιών έχει επιλεγεί ως η καταλληλότερη
μέθοδος για την ανάλυση του γονιδιώματος. Στην ομιλία του BoasPucker,
θα παρουσιαστούν ερευνητικά έργα που αφορούν τον προσδιορισμό της
αλληλουχίας του γονιδιώματος φυτικών οργανισμών που κυμαίνονται από
τον οργανισμό-μοντέλο Arabidopsisthalianaέως είδη καλλιέργειας, όπως
ζαχαρότευτλα και αμπέλια. Συγκεκριμένα, θα επισημανθεί μία έρευνα για
τη βιοσύνθεση χρωστικών ουσιών στο Caryophyllales ως παράδειγμα
συγκριτικής γονιδιωματικής. Παράλληλα, θα περιγραφούν τα
βιοπληροφορικά εργαλεία, MGSE, για τον υπολογισμό του μεγέθους του
γονιδιώματος, NAVIP, για τη λειτουργική επισήμανση αλληλουχιών, KIPE,
για την επισήμανση βιοσυνθετικών μονοπατιών και τέλος, loreta, για την
ανάλυση της ένθεσης του Τ-DNA. Αυτή η ομιλία αποτελεί μία επισκόπηση
των διαφόρων εφαρμογών της αλληλούχησης στη γονιδιωματική των φυτών.
Το ερευνητικό υπόβαθρο του BoasPucker αφορά τη γονιδιωματική των φυτών και την εφαρμοσμένη βιοπληροφορική. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του στο Κέντρο Βιοτεχνολογίας (CeBiTec) στο Πανεπιστήμιο του Bielefeld,
εργάστηκε σε διάφορα ερευνητικά έργα που αφορούσαν την αλληλούχηση του γονιδιώματος φυτών. Συμμετείχε επίσης στον διαγωνισμό iGEM
εποπτεύοντας τις ομάδες «Bielefeld-CeBiTec» από το 2016 έως το 2019
και ως κριτής από το 2016. Επιπλέον, ο BoasPucker υποστήριξε ομάδες
iGEM από όλο τον κόσμο μέσω του AfteriGEMMentorship Programme. Επί του παρόντος, εργάζεται ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Επιστημών Φυτών του Πανεπιστημίου Cambridge του Ηνωμένου Βασιλείου. Η έρευνά του επικεντρώνεται στη μελέτη της εξέλιξης της βιοσύνθεσης χρωστικών στο Caryophyllales. Δύο διαφορετικές χρωστικές ουσίες, οι ανθοκυανίνες και οι betalains, φαίνεται να ανήκουν αποκλειστικά σε οικογένειες του Caryophyllales. Ο BoasPucker διερευνά επίσης γονίδια που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση betalain, σε διάφορα είδη, συγκρίνοντας τις αλληλουχίες του γονιδιώματος τους.
Η Ερευνητική Υποδομή OMIC-Engine είναι μία από τις 19 ερευνητικές
υποδομές εθνικής εμβέλειας που χρηματοδοτούνται από το Επιχειρησιακό
Πρόγραμμα “Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία
2014-2020” του ΕΣΠΑ. Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας έχει καθήκοντα
συντονιστή ενώ συμμετέχουν επίσης ερευνητικές ομάδες των Πανεπιστημίων
Πατρών, Θράκης, Αθηνών, Θεσσαλονίκης, Ιωαννίνων, Γεωπονικό Αθηνών, του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου και του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Η
OMIC-Engine στοχεύει να αναπτύξει τη διεπιστημονική έρευνα, με την
αξιοποίηση της Συνθετικής Βιολογίας, ώστε να δημιουργήσει εφαρμογές
χρήσιμες για τον άνθρωπο, το περιβάλλον και την αγροδιατροφή.
Την Τρίτη 18 Μαΐου στις 16:00 θα έχουμε όλοι την ευκαιρία να
γνωρίσουμε διαδικτυακά τον κόσμο της Γονιδιωματικής των Φυτών και της
Βιοπληροφορικής.
Μπορείτε να κάνετε εγγραφή για να παρακολουθήσετε το Webinar στον
παρακάτω σύνδεσμο: https://forms.gle/itDjKGkXmyHSsXny5
Παρακολουθείστε ξανά τα OMIC Webinars στο YouTube.
https://www.youtube.com/channel/UCelaW4TjAhS0N3ap75Z8zEw
Για περισσότερες πληροφορίες για το ερευνητικό έργο του BoasPucker,
επισκεφθείτε τους παρακάτω συνδέσμους:
https://www.plantsci.cam.ac.uk/directory/pucker-boas
https://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~bpucker
Επικοινωνήστε με την ερευνητική υποδομή OMIC-Engine στο
[email protected] ή μέσω Twitter, Facebook και LinkedIn.
