Τρεις ομάδες δεν αδειοδοτήθηκαν στη Σούπερ Λιγκ 2, οι ΠΑΣ Γιάννινα, Λαμία και Αιγάλεω, και οι δύο πρώτες είναι αμφίβολο αν θα δηλώσουν συμμετοχή για το πρωτάθλημα της περιόδου 2025-26 λόγω οικονομικών ζητημάτων.
Επίσης και η Ελλάς Σύρου, που ανέβηκε για πρώτη φορά στη δεύτερη επαγγελματική κατηγορία, βρίσκεται σε διοικητικό αδιέξοδο, καθώς αδυνατεί να βρει το μπάτζετ που χρειάζεται, με τον μέχρι πρότινος πρόεδρο Νίκο Ζιάβρο να δηλώνει ότι δεν μπορεί να σηκώσει το οικονομικό βάρος. Ως εκ τούτου η παρθενική συμμετοχή της ομάδας της Σύρου στη Super League 2 είναι αμφίβολη.
Σε ό,τι αφορά τους περιορισμούς των ομάδων που δεν είναι αδειοδοτημένες, είναι οι εξής:
-Θα μπορούν να αποκτήσουν μόνο τρεις ποδοσφαιριστές, ανεξαρτήτου εθνικότητας άνω των 25 ετών.
-Θα μπορούν να αποκτήσουν απεριόριστο αριθμό Ελλήνων ποδοσφαιριστών κάτω των 25 ετών.
-Θα μπορούν να αποκτήσουν απεριόριστο αριθμό αλλοδαπών και κοινοτικών ποδοσφαιριστών κάτω των 23 ετών (σ.σ. θα αγωνίζονται φυσικά όσοι επιτρέπονται με βάση την προκήρυξη του πρωταθλήματος).
-Θα μπορούν να προχωρήσουν σε απεριόριστες ανανεώσει, αρκεί να ολοκληρωθούν ως τις 30/6. Από εκείνη την ημέρα και έπειτα όποιοι παίκτες τους από το νυν ρόστερ παραμείνουν θα λογίζονται ως μεταγραφές.

















