Στη θλίψη βυθίστηκε το ευρωπαϊκό μπάσκετ, με την απρόσμενη είδηση του θανάτου, του θρυλικού Ντούσαν Ιβκοβιτς, σε ηλικία 77 ετών.
Με την ΑΕΚ, ο Ιβκοβιτς δεν έμεινε για πολύ καιρό, αλλά σε αυτά τα 2 χρόνια θητείας, κατάφερε να κάνει πολλά.
Το 1999 ο «Ντούντα» αναλαμβάνει την ΑΕΚ , όπου αντικαθιστά το Γιάννη Ιωαννίδη που έχει επιστρέψει στον Ολυμπιακό και ξαναφέρνει στη Νέα Φιλαδέλφεια μετά από 32 χρόνια ένα ευρωπαϊκό τρόπαιο.
Πρόκειται για το κύπελλο Saporta που η ΑΕΚ κατακτά στη Λωζάνη με νίκη απέναντι στην Κίντερ Μπολόνια του Ετόρε Μεσίνα και του Νίκου Οικονόμου 32 χρόνια μετά τον πρώτο θρίαμβο της ΑΕΚ στο Κύπελλο Κυπελλούχων το 1968.
Στο «δικέφαλο» φτιάχνει μια νεανική ομάδα με τους Μιχάλη Κακιούζη, Δήμο Ντικούδη, Νίκο Χατζή, Νίκο Ζήση, Ιάκωβο Τσακαλίδη και Γιάννη Μπουρούση μεταξύ άλλων, με την ΑΕΚ να παίζει πολύ ελκυστικό μπάσκετ.
Με την ΑΕΚ κατακτά δύο κύπελλα Ελλάδας στα δύο χρόνια που είναι προπονητής (2000 και 2001), ενώ στο πρωτάθλημα τερματίζει και πάλι τέταρτος, στην Ευρωλίγκα σκαρφαλώνει μέχρι τον ημιτελικό όπου αποκλείεται από την Τάου.
Το 2001 τελικά φεύγει από την ΑΕΚ, για την παγωμένη Μόσχα, δίνοντας τη σκυτάλη στον Ντράγκαν Σάκοτα, έχοντας προετοιμάσει την ομάδα για το πρωτάθλημα που θα κατακτήσει την επόμενη χρονιά (2002) με τον Σάκοτα στον πάγκο.
