Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων καθώς και δέκα γονείς και θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας ζητώντας να κριθούν αντισυνταγματικές οι αποφάσεις του τέως υπουργού Παιδείας Ν. Φίλη με τις οποίες επέρχεται αλλαγή στο χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στο Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο.
Όπως λένε με τις επίμαχες αποφάσεις επέρχεται ουδιώδης αλλαγή στον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».
Ακόμη υποστηρίζουν ότι μετατρέπεται ο χαρακτήρας του μαθήματος των θρησκευτικών, από ομολογιακό μάθημα, σε μάθημα γνώσεων των θρησκευτικών, ακυρώνοντας ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις.
Επιπλέον, αντιτείνουν ότι η συρρίκνωση του χρόνου διδασκαλίας της ορθόδοξης πίστης, απορροφάται από την παράλληλη διδασκαλία των άλλων θρησκειών, με αποτέλεσμα να περιθωριοποιείται και αποδυναμώνεται πλήρως το δικαίωμα της θρησκευτικής εκπαίδευσης, κατά παράβαση των συνταγματικών διατάξεων
